据汉书宣帝纪记载在本始二年公元前72年，云中太守田顺为虎牙将军，和其他将军一同领军北击匈奴。神爵元年公元前61年，西羌叛，拜酒泉太守辛武贤为破羌将军与强弩将军许延寿等领军配合后将军赵充国平羌。

据汉书冯奉世传记载载：元帝永光二年公元前42，拜定襄太守韩安国为建威将军，领兵万人，协助右将军冯奉世平定羌乱。

自东汉初“罢边郡亭候吏卒”后，其兵源主要靠募兵、弛刑徒及夷兵从事边郡候望防卫。但边郡每有战急，仍如西汉一样在郡内征兵。边郡的正卒大多数是骑兵部队，在边防军中有较强的独立性和战斗力，人数也多。

由于羌乱不息，西北边郡常配合护羌校尉作战。据后汉书西羌传载：章帝章和元年公元87年，傅育上书朝廷发诸郡兵二万约期击迷吾陇西太守张纡和张掖、酒泉太守各领五千郡兵配合傅育作战。

和帝永元十三年101，迷唐领兵攻塞，护羌校尉周鲔与金城太守侯霸等统领诸郡兵及塞内羌、胡合三万人，“出塞至允川，与迷唐战”，“周鲔还营自守，唯侯霸兵陷陈”，大败迷唐。可见战争中归属郡县统辖的军队常起到很重要的作用。

另外常年在边疆屯田的屯田兵卒，在羌人暴动不断的情况下，屯田兵就显得尤为重要了。

屯田兵又称“田卒”或“戍田卒”，是“以兵营田”且耕且守的武装力量。他们有自己的体系，在汉朝廷由大司农进行管理。在边郡设有专门的屯田机构。

史书记载：“边郡置农都尉，主屯田殖谷”。与将屯兵守备作战为主不同，他们以屯田耕种为主，目标是积军粮、开发控制边地。

前汉武帝时凉州和西域屯田人数最多时达“六十万人”。后汉屯田规模较，但仍是边防的重要力量。屯田兵战时受命参与各项行动，西域都护就常依赖戊己校尉手中屯田兵的支持，以济直属军队兵力过少的困境。

河西的张掖居延等地有大规模屯田，在金城郡也屡兴屯田。因此还曾和羌人爆发草场和耕地之争。汉宣帝神爵年间赵充国平羌时，就罢骑兵留弛刑徒、募兵与淮阳、汝南步兵万余人在湟中屯田，置金城属国后才罢。

不过这原本是以征战为主的正规军，因利就便转为屯田。邓训、曹凤、上官鸿、侯霸、韩浩、马续等历任护羌校尉则均在屯田事务上颇费心力。

在羌人叛乱，护羌校尉可以根据战时的情况，启用本属于他统辖的将屯兵和义从胡进行平叛，必要时还可征用居延属国、张掖属国的羌胡骑兵，甚至本属于各郡太守直接辖制的边郡骑士。

护羌校尉营下直属的将屯兵近二千左右，湟中义从胡有二三千骑，总数达五千左右，这是基本构成。

战时征发属国的归义羌胡，兵力可达万骑再调动边郡太守所领军队各近万骑，另外还有屯田制度下的屯田卒，人数就可以达数万，这是护羌校尉在东汉能屡屡主持对羌作战的本钱。

不过在凉州长达百余年的动乱之中，有数次羌人动辄数十万饶大起义，这时护羌校尉便无能为力，汉朝廷就得专门派将发军动用驻三辅的雍营、长安营等将屯兵以及北军五校部分军队和从各地临时征调的军队来编组大军平叛了。