在母巢之战的四年后，吉姆?雷诺和游骑兵(包括满怀理想的舰长马特·霍纳，还有粗鲁而精通发明的总工程师罗瑞·斯旺)成了为自由奋斗的战士。他们乘着休伯利安号穿梭于行星之间，引燃对阿克图尔斯?蒙斯克元首的革命火苗，蒙斯克通过宣传与恐吓手段，逐渐重掌了帝国的控制权。

独自背负着悔恨的吉姆他无法帮助凯瑞甘摆脱异虫的感染、他曾协助蒙斯克取得权力、而现今想推翻银河独裁者又是多么的遥不可及在酒吧遇到了成为逃犯的老朋友泰凯斯·芬利，他提议两人合作取回一系列外星神器，然后卖给莫比斯基金会热情的买家。由于蒙斯克将流通这些神器列为犯罪行为，吉姆欣然答应。

泰凯斯和吉姆在玛·萨拉发现神器的同时，自母巢之战后就未曾现身的异虫也开始袭击这个星球，演变为帝国、雷诺游骑兵与重出江湖的刀锋女王三方面竞相争夺神器的格局。凯瑞甘的出现让雷诺焦躁不安，泰凯斯却感到很有意思，他对雷诺与凯瑞甘之间的关系似乎格外有兴趣。

霍纳舰长发现帝国在塔桑尼斯有一辆防备薄弱的补给列车，游骑兵就派出响尾蛇悬浮战车从侧翼袭击并夺走了他们的货物，其中包括一个老旧的联邦副官，那是个及资料存储与通信功能于一体的人工智能。解锁后的副官曝光了塔桑尼斯沦陷的通讯，包括蒙斯克利用异虫对付人类的证据。现在，游骑兵拥有了可以真正反制独裁者宣传的武器。

雷诺也从莫里斯和希尔取得了两件神器，它们由凶蛮的塔达利姆看守着，他们是星灵的极端分子，不属于卡拉或黑暗圣堂武士的阵营。虽然雷诺对收集神器的兴趣日渐增长，但他也困惑于塔达利姆对神器秉持的崇敬，以及重返人类领地的异虫。

绞尽脑汁想弄清其中联系的吉姆，发现船上来了个意外的访客：黑暗圣堂武士，泽拉图。

雷诺与泽拉图已经有好几年没见过面了，不过他们重逢的场面并未因此变得热烈。这名星灵一见面就为吉姆带来末日的警告，并交给他一颗伊翰水晶，里面记录着泽拉图近期的记忆。

这颗水晶让吉姆看到泽拉图的记忆：一开始，他追寻着跟萨尔纳加有关的预言，揭开星灵与异虫遥远的过去，然后抵达乌兰；不过刀锋女王也同时出现在那儿。两人在神殿展开战斗，最后泽拉图带着记述完整预言的石板碎片前往扎库达斯，想借由保护者的历史文献知识来解读预言内容。

泽拉图在扎库达斯遇到恐怖的混合体，这是一种已经成熟的怪物，他在数年前于杜兰的实验室中见过。这名黑暗圣堂武士率领部队避开近乎无敌的混合体，抵达保护者所在之处。保护者在翻译后指出，预言的中心是“大吞噬者”。这条线索引领泽拉图前往艾尔，他在那里的主宰尸体中找到了谜底。

泽拉图在艾尔尝试解读主宰残留的意识，并使他接触到一个与此生物紧密连结的星灵，就是他那以自己生命为代价杀掉主宰的老盟友，塔萨达尔。塔萨达尔透露出一个恐怖的真相：主宰创造刀锋女王，是为了解放异虫。主宰预知到，在未来会有一个叫做堕落者的生物利用异虫来消灭星灵和人类，因此它才创造出刀锋女王，想为异虫摆脱被奴役的命运。在震惊之余，雷诺明白凯瑞甘虽然杀害无数生灵，但却是避免异虫歼灭所有生命的唯一希望。

同时，雷诺游骑兵打算在克哈的宫廷阅兵活动中抢夺奥丁这台超巨型攻城机械，并且公开蒙斯克的恶行。在奥丁肆虐作乱的过程中，游骑兵成功把蒙斯克腐败的证据公诸于世，发送到帝国的所有星球。

这在帝国掀起震惊和暴动的高潮，数个星球相继脱离帝国。蒙斯克的政权遭受强烈动荡。

吉姆把注意力重新放回收集神器这件事上，不过与此同时他收到消息，异虫正在攻击莫比斯基金会的根据地：泰拉多星球。吉姆不希望失去神器的买主，因此赶往该行星协助纳鲁德博士进行疏散工作，并取回基金会的资料。刀锋女王御驾亲征、指挥攻击行动，纳鲁德据此推测，她应该畏惧神器的创造者：萨尔纳加。

在雷诺悄悄将莫比斯大多数的科学家都安全送出星球后，基金会幕后主使瓦伦里安?蒙斯克，也就是阿克图尔斯的儿子主动联系他。瓦伦里安坚信目前手上的萨尔纳加神器都只是碎片，其实可以合而为一，在完整状态下启动可以使刀锋女王恢复人类身份。虽然吉姆一开始抱持怀疑，不过还是同意和瓦伦里安联手。他想阻止异虫，想减轻莎拉转变成刀锋女王为他带来的罪恶感。如今，机会就在眼前。

雷诺游骑兵从濒临死亡的提丰星球以及一艘萨尔纳加世界舰上的塔达利姆狂战士手中取回最后两块神器碎片，然后开始进行瓦伦里安的计划：由霍瑞斯·沃菲尔德将军率领部队突击查尔，将刀锋女王恢复成人类。这次行动的目的，不仅是为了让凯瑞甘恢复人形，瓦伦里安还希望借此证明，自己有资格继承父亲的权力宝座。

查尔之战极为壮烈，整个舰队的人员伤亡十分惨重，不过最后还是成功在地表建立了根据地，雷诺同时把组装好的神器安置在凯瑞甘附近。整个星球的异虫挟带着怒火倾巢而出，涌向人类基地，此时神器发出能量，使异虫消散，并使凯瑞甘的异虫外形消融。就在刀锋女王动弹不得的同时，雷诺奔到她面前...

...将泰凯斯从牢狱中释放出来的人正是蒙斯克，泰凯斯依照他的命令将枪口对准除去虫形的刀锋女王，打算杀掉她。震惊的雷诺瞬间在二人之中做出了决定，在好友泰凯斯杀死莎拉之前先开枪杀死了他。

随着莎拉看似恢复的人类身份、虫群的分崩离析，雷诺帮助疲惫不堪又失去刀锋女王记忆的凯瑞甘逃离查尔。第二次星际战争是否就此迈向终结？

（二）虫群之心

在协助移除莎拉?凯瑞甘的感染后，瓦伦里安?蒙斯克将这位前刀锋女王软禁在尤摩扬一座机密研究设施中。瓦伦里安对她进行了大量测试，希望确认她是否还存有威胁克普鲁星系的能力。

吉姆劝莎拉与他一起逃离这一切，开始新生活，但她知道，只要泰伦帝国仍在阿克图尔斯?蒙斯克的掌控中，他们就不会有和平的一天。在最后一次的测试中，凯瑞甘控制了设施内的异虫样品，将安全措施彻底瓦解，迫使瓦伦里安承认囚禁她是不可能的。

在雷诺与凯瑞甘准备离开时，泰伦帝国对设施发起攻坚，想置凯瑞甘于死地。两人在战斗中失散，并约定于法厄同星再见。

但吉姆却失约了。在一次UNN的新闻广播中，阿克图尔斯?蒙斯克大帝宣称这位“恐怖分子”已被逮捕并处决。听到消息的莎拉陷入怒火之中，于是动身前往异虫占领的星域，准备集结异虫大军向蒙斯克复仇。她接收了一只利维坦一种能在太空中航行的巨兽作为她的指挥中心，同时也与她前任参谋兼记忆保存官伊兹莎、以及由主宰创造的进化管理者阿巴瑟再度会合。

在查尔行星探索虫群期间，凯瑞甘遭遇了正在镇压当地异虫的帝国将军霍瑞斯?沃菲尔德与其率领的军队。为了将虫群重新纳入靡下，莎拉向当地的虫母扎加拉发出了挑战；当时扎加拉已完全掌控了查尔星上的异虫，而残暴的她对于软弱的人类能胜过异虫这个想法嗤之以鼻，但扎加拉仍在与“软弱”人类的对峙中一败涂地。

凯瑞甘将扎加拉与其势力整并至虫群中之后，便指挥异虫攻击屯驻当地的帝国军队，她不但撕裂了帝国防线，更将沃菲尔德打成重伤。沃菲尔德恳求凯瑞甘饶过他败逃的士兵们，但就在他提到雷诺会对她的行为感到多么不齿时，便迅速被凯瑞甘了结了性命。凯瑞甘愤恨稍平，随即下令后撤，让被围的帝国士兵逃走。

在之后的旅途中，凯瑞甘又在利维坦上遭遇了昔日的敌人泽拉图。但泽拉图并非为战斗而来，而是为了告诉她泽鲁斯星球(也就是异虫的起源星球)的存在。他告诉凯瑞甘，在泽鲁斯星上还遗留最原始的异虫；他们不受主巢意志的支配，并可经由吞噬其猎物的源质来达成进化。泽拉图告诉凯瑞甘，如果她想复仇，就必须效仿原始异虫，前往泽鲁斯取得它们的源质。

凯瑞甘相信了泽拉图的建议，踏上了前往泽鲁斯的旅程。

为了取得原始异虫的力量，凯瑞甘与虫群降落于泽鲁斯的茂密丛林中。在那里，凯瑞甘察觉到了一个沉眠中的意识古王虫祖尔文，目睹主宰诞生的一只原始异虫，同时也是获取泽鲁斯力量的关键。凯瑞甘试图唤醒祖尔文，但原始异虫的族群领袖之一，布拉克，为阻止凯瑞甘而向她的部队发动攻势。力胜一筹的凯瑞甘，将布拉克消灭后便唤醒了古王虫。而另外一位族群领袖德哈卡则被凯瑞甘的力量所折服，自愿为女皇效力。

古王虫引导凯瑞甘至原始孵化池，异虫诞生之地。凯瑞甘自行牺牲人类身份将自己原始化。当凯瑞甘在虫蛹内蜕变时，扎加拉奋力击退了布拉克的残党以及另一位誓死消灭入侵者的原始异虫领袖亚格爪所率领的势力。凯瑞甘破蛹而出，化为原始刀锋女王后，便在古王虫的指示下，吸收了亚格爪，克雷斯，和丝莉芬等三位泽鲁斯最强族群领袖的源质。但随后祖尔文便显露了他的真面目，对刀锋女王发动攻击，意图吞噬刀锋女王来进化自己。在一阵恶斗后，凯瑞甘再次展现实力，将古王虫的源质与力量占为己有。

阿克图尔斯?蒙斯克跟凯瑞甘接触，并透露吉姆?雷诺其实没死，只是为他所囚。他随后以吉姆的生命要挟凯瑞甘远离泰伦帝国首都克哈。凯瑞甘前往泰伦帝国的星域，并联络雷诺的战友—麦特?霍纳以及瓦伦里安?蒙斯克帮忙搜索吉姆的下落。他们发现吉姆被囚禁在一艘名为摩洛斯的机动监狱上，不但戒备森严，而且每小时将随机跃传至不同坐标。

刀锋女王趁着摩洛斯补给时，成功渗透进船只内部，将守卫屠杀殆尽。不过蒙斯克大帝早料到此事，直接启动了监狱的自毁装置。凯瑞甘及时赶到吉姆的牢房。吉姆对于突然获救感到十分惊讶，但这份惊讶在他看到凯瑞甘再次化为刀锋女王后便转为愤怒。凯瑞甘对雷诺坦白她对他的爱意，但暴怒的雷诺却毫不领情，转身就走。

凯瑞甘在回到利维坦后收到了来自阿莱克谢?斯杜科夫的灵能讯号。在之前的不幸死亡后，斯杜科夫受到了异虫的复活与基因改造。他告诉凯瑞甘他一直以来都在天矛太空站接受实验，泰伦帝国就是在那里试图制造结合异虫和星灵的混合体。凯瑞甘决定协助斯杜科夫摧毁天矛太空站，利用噬病毒感染军营，生产无数的受感染的人类。当斯杜科夫跟凯瑞甘突入设施时，纳鲁德博士，一位伪装成人类的古老变形生物，派出设施内的混合体生物来阻止他们。在击败混合体生物后，凯瑞甘透视纳鲁德的内心，发现他计划复活堕落的萨尔纳加：埃蒙，一个被当作死去的神明崇拜的可怕生物。

纳鲁德与凯瑞甘展开灵能大战。纳鲁德变形为凯瑞甘的人类型态嘲弄她，趁着她分心而迟疑时将能量刃刺穿了凯瑞甘的身体。虽然受到重伤，莎拉依然凝聚了她所有的痛苦与愤怒，奋力将纳鲁德击倒。凯瑞甘再也支持不住，倒了下去，旁边躺着她毫无生息的过去的幻影。

凯瑞甘醒来后发现自己被浸泡在原始孵化池中，受到扎加拉和伊兹莎的细心照料。在伤势痊愈后，凯瑞甘便挥军进攻泰伦帝国首都克哈。在登陆后，凯瑞甘迅速地利用酸液炮攻破奥古斯特格勒的大门。虽然帝国军队节节败退，阿克图尔斯却在此时启动了灵能崩解器，一种可直接攻击异虫的主巢意志的强力武器。

凯瑞甘意识到灵能崩解器的崩解力场将歼灭她的异虫大军，便派德哈卡—他的原始异虫不受主巢意志影响—去处理灵能崩解器的动力连结。在力场被中和后，异虫便如入无人之境，在灵能崩解器很快被破坏，虫群直捣帝国首都奥古斯特格勒。由于这时平民还未撤离完全，瓦伦里安要求凯瑞甘避开人口密集的区域。凯瑞甘原本不愿让攻击转向，但在瓦伦里安指出死伤将会十分惨重后，她便下令异虫尽量避免冲突。而还在为莎拉转化回异虫一事感到难过的雷诺，听到此事后不禁开始怀疑，现在的刀锋女王是否已不再是过去那个怪物了。

蒙斯克的军队与步步逼近的凯瑞甘展开交战。战斗即将白热化，此时伊兹莎回报有架人类战巡舰正接近中。刀锋女王认出那是休伯利安号，了解到那是吉姆回来意图助她最后一臂之力。精神一振的她继续攻势，向敌方的防御阵地不断施压。帝国军的守势逐渐开始崩溃，斯杜科夫、扎加拉、和德哈卡的部队也加入了战斗。皇宫区的近卫军面对虫群已毫无抵抗之力。在攻破蒙斯克宫城的城门后，凯瑞甘进入大帝的房间，却发现阿克图尔斯神色自如地等着她。

凯瑞甘想上前了结蒙斯克的性命，但蒙斯克手里还有最后一张王牌，那就是在查尔星让凯瑞甘变回人类的萨尔纳加神器。神器从地下的秘密机关中出现，释出强大的能量让凯瑞甘动弹不得。而就在蒙斯克逼近瘫痪的刀锋女王，要结束她的性命时，雷诺赶到了。他冲进房内破坏了控制神器的装置，而蒙斯克的命运又落到了凯瑞甘的手中。

凯瑞甘用灵能引爆了蒙斯克的宫殿，彻底结束了蒙斯克的统治（并没有）。

故事开始……