21世纪末，人类科技飞速发展，电子信息、机器人、基因工程、克隆成为了全民技术。很多人开始移植人工器官，部分人类也出现了变异，诸如感官强化，心灵感应能力等等。地球人口在三百年内暴涨为二百三十亿。

这些变化和大规模的人口膨胀带来了经济危机和全球性的恐慌，许多国家陷入暴乱和崩溃的境地。联合国彻底完蛋。

2229年。联合权力同盟(UPL)建立，成为了联合国的后继者并给地球带来了新的秩序，但他们的手段相当的残暴。这一新国际组织控制了全球百分之九十三的人口，覆盖除南美少数国家外的全球各国。

在之后的八十年间，UPL根除了地球上的种族分离主义，并强制推行英语为全球统一语言。自2231年起，全球同化委员会取缔了一切宗教信仰。

UPL取缔了宗教，但他们狂热地坚持着“人类的神圣性”。并试图尽一切力量阻止激进科技对人类的影响。这使他们开展了人类史上最大的一次“净化行动”。他们抓捕了全球各国所有的异见分子、黑客、强化人、技术山寨人员、机械器官移植者以及各种各样的罪犯。这场清洗行动共抹杀了四亿条人命。但UPL控制了媒体，使大众无从知晓这一行动的规模和暴力程度。

忽略他们残暴的行为不论，UPL的确让许多关键性的科技拥有了长足的进展。许多早已终止的研究都在联权同盟的鼓励下重新开始。曲速引擎和冬眠技术的出现使人类真正地走向了太空。自从美苏争霸以来，人类又一次重返月球并建立了第一个地外殖民地，并在四十年时间内实现了对太阳系内诸多行星的殖民。

然而，在当时，却有一名雄心勃勃的科学家，他把目光放得更远，想要在这个时代直接实现对太阳系外的殖民。他通过自己政界的关系弄到了五万多名本该在净化行动中处死的罪犯。并使用超级电脑ATLAS筛选出了其中适合太空殖民的四万人。这四万人被押上四艘超级飞船，并被送往远离地球的行星占翠VI。ATLAS在其中少数犯人的基因中检测出了灵能潜力。

这四艘飞船原本该在一年内就抵达目的地。但期间引航飞船内加法号的电脑出现了故障。他们失去了目的地的坐标，并在宇宙中漫无目的地进行了二十多年曲速飞行并使曲速引擎彻底融毁。期间，飞船中的乘客全都处于冷冻睡眠状态，对自己的境况一无所知。最终，这四艘飞船距离地球已有六万光年。他们所处的星区后来被称作克普鲁星区。

2259年，在飞船的生命维持系统即将耗尽的前提下，飞船的紧急协议发动，并自动迫降到了最近的几颗行星上。

其中一艘飞船在迫降时坠毁，所有乘客在睡眠中死亡。另外三艘飞船分别迫降到了乌摩加、莫瑞亚和塔桑尼斯行星上。

飞船的曲速引擎已经毁坏，难民们无法回家。但塔桑尼斯的内加法号尚拥有超级电脑ATLAS，这给这颗行星上的难民带来了极大的助益。通过解析电脑中的资料和拆卸飞船，他们开始在这新世界中挣扎求生。

此后，内加法号上的乘客在塔桑尼斯及周围几颗星球上建立了殖民地，并成立了自己的政府：泰伦联邦。定都塔桑尼斯。但乌摩加和莫瑞亚拒绝加入联邦。

联邦政府对内外的压迫逐渐加强，并开始研究星区内人类中逐渐显现的灵能潜力。他们甚至建立了幽灵军校，培养强大的灵能特工：幽灵，利用他们刺杀联邦的敌人。期间，联邦所发现的拥有最强大灵能潜力的人类个体是一个名为凯瑞甘的女孩。联邦甚至以她为基准设定了灵能评级(PI)体系(将每个人类个体的灵能按照0-10评级，以凯瑞甘为10)。

2485年，为对抗联邦对其领地资源的掠夺，莫瑞亚矿业联合与凯拉尼斯船业公会共同组建了凯-莫瑞亚同盟。联邦与同盟爆发冲突，公会战争开始。

2489年，公会战争结束，联邦取得决定性胜利。并彻底巩固了他们在克普鲁星区的霸权。

不久，长期与联邦政府不合的联邦参议员安古斯·蒙斯克宣布克哈IV独立。然而，联邦政府很快派出三名幽灵特工将安古斯极其妻女刺杀。凯瑞甘便是这三名特工之一。

安古斯之子阿克图勒斯·蒙斯克早先因离家而躲过了刺杀。为了给家人复仇，他接管了父亲的反抗组织，对联邦展开了游击战。

2491年，联邦政府为了杀一儆百，对克哈发动了核弹打击，导致数百万人死亡。但这一暴行并未使阿克图勒斯退缩，为了记住这一天，他将自己的部队命名为“克哈之子”，并加剧了对联邦的反抗行动。在此期间内，他甚至将凯瑞甘收归麾下，并将其提拔为自己的副手。

就在克普鲁星球的人类陷于内战时。却不知道一个可怕的异星种族早已对他们蠢蠢欲动。

主宰，被植入了吞噬星灵的潜意识，试图找到能有助于异虫击败星灵的基因优势。然而在他所吞噬的所有种族的基因库中，都找不到答案。直到他的探测部队发现了星灵疆域附近的克普鲁星区，以及居住于此的人类。人类的寿命较短，身体机能也非常脆弱，但是主宰看重他们的灵能潜力，他认为这个看似脆弱的种族将会是决定他与星灵胜负的关键。

在数年时间里，虫群慢慢地感染并藏匿于人类星域的边远星球上。

作为人类所知的第一个外星种族，联邦政府很快发现了异虫的存在，起初，他们以为这些虫子只是没有智力的野蛮异形。通过研究，联邦科研人员发现异虫会对灵能起反应。联邦政客们因此便想到了使用灵能发射器来引诱异虫清剿不听话的边疆星球，然后再派出军队清除异虫的“绝妙方案”。这样的手段比使用核弹来清洗反抗的星球反而更来得方便——公众们绝不会想到联邦政府竟能利用外星种族来自导自演，甚至反而扮演起拯救者的角色。

作为灵能发射器的实验场地之一，联邦边缘星球乔萨拉第一个遭到了公开的“异形入侵”。然而，在异虫开始吞噬并感染星球上的人民时，一件出乎所有人意料的事发生了。

2499年12月8日，一支金色的外星舰队出现在了乔萨拉上空，并用轨道打击烧尽了星球表面。

在发现了异虫的存在后，星灵的最高议会派出他们的英雄：执行官塔萨达，来到这里阻止异虫感染的扩散。

不是一个，而是两个外星种族，同时出现在了人类面前。一场前所未见的三方大战就此展开……