明代在与元朝及元末群雄争战期间，军队的来源，有诸将原有之兵，即所谓从征，有元兵及群雄兵归附的，有获罪而谪发的，而最主要的来源则是籍选，亦即垛集军，是由户籍中抽丁而来。除此之外尚有简拔、投充及收集等方式。此外，明朝中期以後又有强使民为军的方式，不过都属於少数，卫所制仍然是最主要的军制。

明代自京师达于郡县，皆设立卫、所，外统于都司，内统于五军都督府。也就是说，卫、所分属于各省的都指挥使司，各省的都指挥使司又由中央的五军都督府划片管辖（云南都指挥使司隶属于中央右军都督府）。都指挥使司下辖若干个卫，卫下辖一定数量的千户所和百户所。

元朝户部尚书张昶最早提出卫所。洪武十七年（1384年)，在全国的各军事要地，设立军卫。一卫有军队五千六百人，其下依序有千户所、百户所、总旗及小旗等单位，各卫所都隶属于五军都督府，亦隶属于兵部，有事调发从征，无事则还归卫所。此法的实行，须有一套能保障军队数目的户籍制度配合，来维持卫所制的运行。

军队组织有卫、所两级。一府设所，几府设卫。卫设指挥使。卫下有千户所（一千士兵），千户所下设百户所（一百士兵）。各府县卫所归各指挥使司都指挥使管辖，各都指挥使又归中央五军都督府管辖。

明代的卫所兵制，实乃吸取中国历史屯田经验，是一种寓兵于农，守屯结合的建军制度。朱元璋说：“吾养兵百万，不费百姓一粒米。”

军户即户籍种类属军籍之户，初期的来源有二，一是元代原本的军户，二是现役军人之户，这在洪武二十一年（1388年）黄册编造之後更加以确立。军户为世袭，且管理颇严格，除籍十分困难，大致上除非丁尽户绝、家中有人成为高官或是皇帝敕免，是无法除军籍的。尽管如此，日久军户仍日渐减少，庞尚鹏主张：“清查隐占，均平粮额，开垦抛荒最为目前急务”，因此後来有使因犯罪而充军者入军籍之方法，被称作恩军或长生军。

军户的主要的义务，便是出一丁男赴卫所当兵，称作正军，其他的子弟称作馀丁或军馀，正军赴卫所，至少要有一名馀丁随行，以助其生活，由于军户负担沉重，故多给有田地，且正军免全部差役，而在营馀丁及原籍下的一丁亦可免差役，以保障其生活并供给正军之生活。如影响所有民间秘密宗教的罗教创始人罗思孚，本是一名戍军，後来找人顶替之後，才离开军伍。

军丁的分发地点，多以距离原籍地遥远且分散的方式，以防止逃兵，但长途的跋涉加上水土不服，给役卒带来不少痛苦。正军服役于卫所，必须带妻同行，以安定生活并生儿育女，每一军人有房屋、田地，每月有固定的月粮，但实际情形则常分配不足，行军时则发给口粮，衣装则须自备，武器则由国家以工匠生产。军士在营，分成守备和屯田二部分，比例不定，按时轮流，屯田固定上交粮食，以供给守备军及官吏，其目标在养兵而不耗国家财力，但明宣宗以後，卫所官侵占军屯田地、私役军士耕种之事，已经常发生，这个目标渐难以达到。

一般正军身死，即以户中壮丁补充，但由于军人生活困苦，逃兵甚多，洪武初年即有逃兵，至洪武三年十一月，逃亡者计47986人，因此有“根补”、“勾补”等方法。根补即抓回逃军，勾补则由其户中以丁补，但此举既扰民又扰官，亦有军官藉此贪污，迫害人民，使乡里间痛苦不堪。而且逃兵有增无减。

正统三年（1438年），逃亡官军竟达1633664人，这时开始有募兵之举。

正德十四年吏部尚书王琼上疏：“天下都司卫所每岁差去勾军官旗不下一万六七千名，计所勾之军，百无一二到卫。有自洪武、永乐年间差出，到今三十余年，在外娶妻生子，住成家业，通同军户，窝藏不回。”

嘉靖八年，桂萼公布天下兵籍，仅有兵士九十七万。军士的逃亡，除生活上的因素外，与其社会位的低落亦有关，明初因需要武力，故较重视军人，其後承平日久，武力不再重要，军人地位就大为降低，加上以罪犯充军，使的军人的形象更为低下。嘉靖年间，有些卫所逃亡军士达到在籍军士70%左右。至16世纪初，一些卫所的逃亡军士已达其总数的80%，许多边地驻军只剩下一半。

嘉靖时期，边患严重，急需兵力，朝廷改采募兵制。募兵不同于卫所军，不世袭，来去相对自由。但由于募兵制破坏了早期卫守制“兵帅分离”的构想，内阁必须将兵权下放于将领，明朝无法完全掌控兵权，尤以戚继光的“戚家军”更为有名，中央集权逐渐转变成为个别军官所拥有的势力。

明代的卫所极其庞大复杂，分为直属皇帝的亲军京卫和五军都督府下辖的卫所。其中又有屯垦卫，驻守卫、戍军卫和护卫。全国的卫军人数多达二百余万，在明中后期都超过了二百六十万。亲军上直二十六卫，分别是：金吾前卫、金吾后卫、羽林左卫、羽林右卫、府军卫、府军左卫、府军右卫、府军前卫、府军后卫、虎贲左卫、锦衣卫、旗手卫（以上旧为上十二卫）、金吾右卫、羽林前卫、燕山左卫、燕山右卫、燕山前卫、腾骧左卫、腾骧右卫、武骧左卫、武骧右卫、武功中卫、武功左卫、武功右卫（此三卫为军匠，隶属工部管辖）、永清左卫、永清右卫，已上俱不属五军都督府管辖。五军都督府所属卫所既有在京的也有在外各省的，其中左军都督府在京管辖：留守左卫、镇南卫、骁骑右卫、龙虎卫、沈阳左卫、沈阳右卫六卫。在外下辖浙江十六卫、三十八个千户所；辽东二十五卫、十八个千户所；山东十九卫、十六个千户所、三个仪卫司、三个群牧所。右军都督府在京管辖留守右卫、虎贲右卫、武德卫三卫。在外下辖直隶一卫，陕西二十八卫、十六个千户所、三个仪卫司、三个群牧所。陕西十二卫、三个千户所。四川十一卫、十个千户所，二个仪卫司、一个群牧所。广西十卫、二十三个千户所、一个仪卫司。云南二十卫、二十个千户所。贵州十七卫、十二个千户所。中军都督府在京下辖四卫，在外下辖直隶二十六卫、十六个千户所中都（凤阳）七卫、一个千户所。河南十二卫、六个千户所、七个仪卫司、四个群牧所。前军都督府在京下辖三卫。在外下辖直隶一卫，湖广二十七卫、三十三个千户所、四个仪卫司、三个群牧所。湖广七卫、九个千户所、三个仪卫司。福建十六卫、二十个千户所。江西四卫、十一个千户所、三个仪卫司、二个群牧所。广东十五卫、五十一个千户所。后军都督府在京下辖二十卫。在外知直隶三十四卫、十二个千户所。河北二十三卫、八个千户所。山西九卫、九个千户所、三个仪卫司、三个群牧所。山西行都司十三卫、三个千户所。另外都司一奴儿干都司下辖三百八十四个卫所，实际皆为少数民族的土官卫，同样在云南、四川、贵州和甘肃也有为数众多的土官卫所，但并不属于明代的正规卫军。