之后适逢上谷太守任兴想杀赤沙乌桓，乌桓怀恨图谋反叛，汉章帝下诏命令邓训统率黎阳营的士兵屯守狐奴，以防乌桓叛乱。邓训安抚边境地区的各族人民，使幽州地区百姓有所归顺、寄托的地方。

在建初六年公元81年，邓训提升为护乌桓校尉，这是他第一次成为总辖边境外族事务的最高行政和军事长官。当时黎阳营的老部下大多扶老携幼，很高胸跟随邓训搬迁到边疆。鲜卑闻其威恩，皆不敢南近塞下。

章和二年88年，护羌校尉张纡绣诛烧当种羌迷吾等，由是诸羌大怒，谋欲报怨，朝廷忧之。公卿举训代纡为校尉。诸羌激忿，遂相与解仇结婚，交质盟诅，众四万余人，期冰合渡河攻训。

当时的情况较为危机和复杂，此前月氏胡人散居在塞内，能作战的有二三千骑兵，骁勇健壮，每次和羌人交战，常常能够以少胜多。虽然他们是为异族，但汉人也时常收容并使用他们。

烧当羌首领迷吾的儿子迷唐，另与武威种羌合兵共一万多骑，来到塞下，不敢攻打邓训，先想胁迫月氏胡人。邓训带众护卫延误了羌饶进攻，使两方没能交战，众官吏都认为羌人、胡人互相攻击，对朝廷有利，用异族攻打异族，不应该阻止他们。

但邓训不以为然，他以为眼下的情况是张纡不讲信誉，羌人各部落才大举行动，护羌校尉不屯守的兵力不少于二万人，运送军需品所花费的，耗尽了仓库的钱财，凉州的官吏百姓，性命岌岌可危。追究胡人各部落不能满意的原因，都是因为朝廷和地方官吏对他们的疾苦和困境不闻不问，乃至落井下石。如今趁他们处境危急，用恩德来安抚他们，定然会有用处。

于是邓训下令打开城门以及他自己住处后园的门锁，让所有的胡饶妻子儿女进来，派重兵守卫。羌人抢劫没有收获，又不敢逼近胡人骁勇的骑兵，于是就退兵离去。

由是湟中诸胡皆言“汉家常欲斗我曹，今邓使君待我以恩信，开门内我妻子，拿父母。”众胡人对邓训敬重有加，均欢喜叩首，愿意听从邓训的指令。邓训便抚养其中少年勇者数百人，以为义从，这也就是被汉朝廷第一批纳入护羌校尉营的湟中义从胡。

邓训对护羌校尉所辖制的羌、胡部落的恩情还远不止于此，汉时羌胡的医术以及习俗均较为落后，他们耻于病死，每病临困，辄以刃自刺而死。邓训听闻这等事之后，便把病重的人抓起，使医药疗之，治好了一大批人。羌胡部落老少无不感激涕零。

其他如羌胡困顿时，会用护羌校尉部多余的钱财接济羌胡部落等等不一而足，终使邓训之名在短短一年内响彻边塞内外，叛羌首领迷唐的伯父号吾就带着母亲和部落的八百余户，从塞外来投降。

在邓训经过几次有计划的军事行动，彻底击败迷唐所部羌人之后，其余所有部落都叩塞门前来缴纳入质。于是邓训安抚、接纳前来归附的人，此时的他在羌胡人心中无异于是圣人一般的存在。

以至于在邓训病死于护羌校尉任上，众羌胡部落人人哀嚎，“邓使君已死，我们也一起去死吧。”

后汉书卷十六邓寇列传第六对这段有详细的记载：“至闻训卒，莫不吼号，或以刀自割，又刺杀其犬、马、牛、羊，曰：邓使君已死，我曹亦俱死耳。前乌桓吏士皆奔走道路，至空城郭。吏执不听，以状白校尉徐傿。傿叹息曰：此义也。乃释之。遂家家为训立祠，每有疾病，辄此请祷求福。”

像邓训这等思想觉悟跨越时代的人物，赵普自问在他所处的时代也并不多见，何况是在一千八百多年前的汉灵帝年间呢！

曹操想要邓训这等宽仁、弘义的人作为护羌校尉与他一同配合彻底平靖凉州，怕是很难如愿。