包括顾宪成、顾允成兄弟在内的许多廷臣，上奏阻止这一诏令的颁发。

神宗迫于公议，于二月间收回了三王并封之命。

不仅许多朝臣，就连神宗的母亲慈圣皇太后也坚持立长，因此到1601年万历二十九年，神宗只得册立年届二十的皇长子朱常洛为太子。

神宗同时封朱常洵为福王，但又不让他到封地洛阳去，还以授给福王的土地不足四万顷为借口，继续将福王留在宫中。

当时东林党人叶向高为内阁大学士，上疏坚决反对。

在叶向高等人一再敦促下，1615年万历四十三年三月，万历帝让福王赴洛阳，授给他的庄田也削减了一半。

这就是“福王就国之争”。

福王朱常洵到封地之后，郑氏集团仍谋夺取皇位继承权，一再策划谋害太子朱常洛，因而发生了明末著名的宫廷三案梃击案，红丸案，移宫案。

梃击

主词条：梃击案

梃击案发生于1615年万历四十三年五月。

一天，有个男子手持枣木棍，从东华门直奔内廷，闯入皇太子常洛居住的慈庆宫，打伤了守门的侍从，一直闯到前殿檐下才被抓住。

神宗下令审讯。

负责审问的浙党官吏，说这个名叫张差的男子是个疯颠病人，企图糊涂结案，而内阁首辅、浙党首领方从哲也不提出深究。

东林党人、刑部主事王之寀通过单独提审和与刑部许多官员共同审讯，迫使张差供出：

是名叫庞保和刘成的两个太监，“令我打上宫门，打得小爷指太子，有吃有穿”。

这两个太监是郑贵妃宫内的。

朝中的东林党人和不少官员据此推断，这是出于郑贵妃及其兄郑国泰的阴谋，于是坚决要求彻底追究。

神宗只得亲自出面，在慈宁宫召见群臣，下令立即将张差斩首，又把郑贵妃宫内参与此事的两个太监在内廷打死，草草了结了这件大案。

而王之寀遭到反东林党一派官吏的攻击，神宗将他削职为民。

红丸

主词条：红丸案

1620年万历四十八年七月，神宗病死，皇太子朱常洛继位，是为光宗。

1620年万历四十八年八月，光宗得病，宫廷医生崔文升进了泄药，光宗服后病势加重。

鸿胪寺丞李可灼自称有“仙方”，光宗服了他进奉的两颗红丸后，不出一天，在1620年万历四十八年九月初一日突然驾崩，于是廷臣大哗。

首辅方从哲还拟旨赏赐李可灼白银五十两，更激起了朝臣的责难。

东林党人杨涟、惠世扬、高攀龙等先后上书，指出故意用泄药的崔文升是郑贵妃心腹，责问方从哲为什么加以庇护。

还联系梃击案，声称张差谋逆，是郑国泰主谋。

由于郑氏集团和方从哲的阻挠，此案未予追究，直到1624年天启四年，朝廷才判处李可灼遣戍，崔文升贬谪到南京。

移宫