随后九尾之乱发生。

10月10日，宇智波带土控制九尾袭击木叶村，宇智波一族被勒令听从木叶指挥，不允许参加战斗。

随后还把九尾之乱的责任，推卸给了宇智波。

四代火影波风水门战胜带土，后对九尾施展尸鬼封尽，旋涡久辛奈被剥离九尾。

波风水门，旋涡久辛奈，猿飞琵琶湖，尹鲁卡父亲战死。忍者学校校舍被摧毁大半。

鸣人成为新的九尾人柱力，三代火影猿飞日斩重新出山。

重新出山的三代并不是很得人心。

被移植柱间细胞的大和成功的拥有了木遁，并成为团藏的得力部下，然后被派遣实行暗杀第三代火影的任务。

而搞笑的是，他在刺杀过程中与被同样刺杀三代的旗木卡卡西发现，二人交手，同时错失了刺杀的机会。

这一年，宇智波斑老死，宇智波美琴怀孕了，因陀罗也转世了。

沙忍的千代使用附身术让守鹤附身尚在胎儿阶段的我爱罗，沙忍村培育新的一尾人柱力。

雾忍九岁的毕业生再不斩再也忍受不了雾忍的血色毕业礼，手刃了所有同学毕业，促成雾忍村改革毕业考核方式。

我爱罗母亲加瑠罗死亡，白父母死亡。

这一年，油女志乃1月23日，犬冢牙7月7日，日向雏田12月27日出生。

春野樱3月28日，宇智波左助7月23日，旋涡鸣人10月10日出生。

秋道丁次5月1日，奈良鹿丸9月22日，山中井野9月23日出生。

我爱罗1月19日出生。

香磷，水月出生。轻，重出生。志保出生。

木叶52年！

宇智波鼬忍者学校毕业。

忍者学校修复中。

御手洗红豆被大蛇丸刻上咒印，木叶发生多起忍者消失事件。

枸橘失仓成为第二任三尾人柱力，并逐渐成长为完美人柱力。

枸橘失仓暂时废除血雾政策，但依旧保持闭关锁国。

晓组织重建，天道佩恩诞生，蝎和角都加入晓。

木叶53年！

日斩长子，木叶丸父亲去世，猿飞新之助去世。留下遗腹子木叶丸。

卡卡西被三代策反，放弃了刺杀三代的打算，成为了三代的部下，随后进入暗部。

宇智波鼬的队友被带土杀死，鼬开启写轮眼。

日向宁次开始背负笼中鸟，此刻的他并不介意，甚至还是个妹控。

但，因为日向一族未参加木叶与云隐缔结和平的庆祝典礼，因此和谈时雷之国忍者头目试图拐走日向雏田，最终被日向日足杀死。

云隐提出需要谢罪，日向日差替代日向日足牺牲避免重启战局。宁次开始憎恶日向，以及木叶。

而木叶与云隐的局部战争结束，

同年，兜加入根组织，成为大蛇丸助手，枇杷十藏叛逃，加入晓。

木叶与雪之国缔结盟约，卡卡西在雪之国任务中将公主救出，与雪忍者狼牙雪崩有一段恩怨。

木叶54年！

木叶与云隐正式停战。

同事长子的三代把希望寄托在次子阿斯玛身上，随后阿斯玛离开木叶，成为火之国大名的守护忍者十二士。

第四代风影罗砂正式继位。

木叶55年！

宇智波鼬晋升中忍！

这一年乌冬，萌黄出生！

木叶56年！

宇智波一族准备政变，宇智波富岳派鼬进入暗部充当间谍。宇智波一族安排宇智波止水监视鼬，但止水将此内容告诉鼬。

上演了好一出的无间道啊。

而止水准备使用别天神阻止宇智波的叛乱，可惜被团藏扰乱并被夺走右眼。

随后，止水把一切托付给鼬后，在鼬面前跳下南贺河自尽，鼬因此开启三勾玉，也可能是万花筒。只是鼬似乎有意隐藏。

因为止水的死亡，宇智波一族政变推后！

忍者学校进行第三次大扩建！平民忍者正式占据了忍者人数的大多数，登上历史的舞台。

而波之国发生政变，脱离了木叶掌控，尹那利的生父死亡。代表了木叶的衰败已经掩盖不住了。

这一年，日向花火出生。

木叶57年

大蛇丸正式叛逃，他进行的禁术试验被败露；三代亲自带队捉拿大蛇丸失败后宣布大蛇丸成为叛忍。

大和在协助大蛇丸出逃过程中再次与卡卡西进行交手。

自来也为了监督大蛇丸行踪，随之离开木叶。

大蛇丸获得风魔一族的认可，并致力于创立新忍村。

大蛇丸第一次进行转生。

我爱罗舅舅夜叉丸死亡，我爱罗额头上被刻下“爱”字，这个舅舅也不知道出于什么目的，成功用生命离间了我爱罗父子之间的关系，此后数次我爱罗差点被四代风影杀死。

鼬担任暗部分队长，服从团藏的指示。

木叶木叶58年！

也就是宇智波灭族事件的这一年，弦之介等人乱入了。

这一年。

兜获取情报时被发现，黄土亲自带队，兜与野乃宇互相残杀。

佩恩六道诞生，山椒鱼半藏死亡。

新的晓组织开始在忍界活动。

大蛇丸收到晓组织信件，在见到轮回眼以后出手抢夺失败，随后加入晓组织。